Pequepon Magical Blocks è un gioco di intelligenza. La tua missione sarà quella di guidare Pequepon attraverso 9 mondi vari fino ad arrivare alla casa della vecchia strega malvagia che ha rapito i piccoli pequepon. L’azione si svolgerà in 10 livelli in ciascuno dei mondi, per un totale di 90 livelli. Per superare il livello, dovrai spostare fino a una determinata locazione le scatole sulle quali sono disegnate delle stelline gialle. Una volta sistemate tutte le scatole, si aprirà la porta che permette di passare al livello successivo. Man mano che i livelli diventano più difficili, potrai usare dei regali che appaiono ogni volta che vengono correttamente sistemati 5 blocchi. Puoi usare i regali per superare il livello corrente oppure saltarlo e rifarlo in un secondo tempo. Dato che ci vuole un po’ di tempo per superare i livelli di difficoltà avanzata, il gioco memorizza automaticamente lo stato del livello corrente, in modo da poter ricominciare esattamente da quella posizione la prossima volta che vorrai giocare. È possibile salvare simultaneamente lo stato di avanzamento per 3 giocatori.