Pequepon Magical Blocks est un jeu d’intelligence. Ta mission est de guider Pequepon à travers 9 mondes pour rejoindre la maison d'une méchante sorcière qui a kidnappé les jeunes pequepons. L'action se déroule à travers 10 niveaux dans chaque monde, soit un total de 90 niveaux. Pour passer chaque niveau, tu as besoin de pousser chaque bloc de cases avec des étoiles peintes sur le sol. Une fois que tous les blocs sont placés, une porte s'ouvrira qui te mènera au niveau suivant. Comme les niveaux deviennent de plus en plus difficiles, tu pourras profiter de cadeaux qui apparaissent à chaque fois que 5 blocs sont placés. Tu peux utiliser ces cadeaux pour passer le niveau actuel ou bien le sauter pour le passer plus tard. Comme les niveaux avancés sont assez lents à résoudre, le jeu enregistre automatiquement l'état du niveau en cours afin de maintenir le point exact à partir duquel tu peux te déplacer la prochaine fois que tu veux jouer. Tu peux enregistrer le jeu de trois joueurs simultanément.